Anche le confraternite e le scuole degli Ulema non riuscirono a svilupparsi molto. La maggior parte dei musulmani nei villaggi non dedicava molta cura a rituali, concetti, istituzioni e consuetudini di natura islamica. L'Islam fu più una questione di identità personale piuttosto che di organizzazione sociale.
All'inizio dell'epoca moderna il mondo islamico tra Sumatra, Giacarta e fino ad alcune isole delle Filippine mostrò che non esisteva "l'Islam" ma una vasta gamma di paesi e sistemi diversi tra loro che saranno sfidati in ogni campo, scientifico, culturale, politico-militare e tecnologico dalle colonizzazioni europee, in particolare da quella olandese e da quella inglese.
A - INDONESIA
Nel XIV secolo un impero induista si estese a tutta l'Indonesia grazie alle capacità militari del Rajah Madjapahit.
In seguito alla conquista musulmana dell'India del Nord l'Islam cominciò ad espandersi nelle regioni indonesiane occidentali. In un'epoca di vigoroso sviluppo degli scambi mondiali, i principati musulmani costieri dediti al commercio, soffocati dal centralismo di Madjapahit assunsero l'Islam come bandiera di lotta contro la monarchia "infedele", che abbatterono verso il 1520 acquistando il predominio politico dei principati di Bantam, Mataram e Atjeh, che gli europei si trovarono di fronte al loro apparire nell'arcipelago.
La prima fase di influenza europea nel secolo XVI ebbe a protagonisti i portoghesi, che la esercitarono indirettamente attraverso il controllo sulla rete commerciale dell'Estremo Oriente. Quando alla fine del secolo l'impero commerciale lusitano crollò, gli inglesi, in concorrenza con spagnoli e olandesi, fondarono alcuni scali commerciali sulle coste delle varie isole; ma presto gli olandesi imposero la propria supremazia sull'arcipelago, tramite la compagnia olandese delle Indie Orientali che, pur restando una società privata, fu per due secoli lo strumento della penetrazione dello stato olandese di Indonesia.
In una prima fase la compagnia stabilì il proprio monopolio sul commercio delle spezie e costituì una rete di basi mercantili e militari con piccoli possessi territoriali sulle coste. L'obiettivo della compagnia era il predominio commerciale e i suoi dirigenti erano contrari a espandere la conquista all'interno e ad assumerne la sovranità politica; ma questo sistema di governo indiretto impoverì e indebolì le strutture politiche esistenti e portò alla disgregazione dell'unità statale.
Alla metà del secolo XVIII gli orientamenti politici della compagnia cambiarono, i governatori cominciarono conquiste territoriali su larga scala e imposero ai principi indonesiani rapporti di vassallaggio politico diretto. Il controllo commerciale lasciò il posto allo sfruttamento produttivo, che portò a una profonda trasformazione sociale: i contadini furono ridotti a servi della gleba, l'aristocrazia indigena fu degradata alle funzioni di capi squadra e funzionari coloniali.
In conseguenza di ciò la compagnia si avviò verso un grave dissesto finanziario e venne sciolta nel 1789 e l'Indonesia diventò una colonia dello stato olandese.
All'inizio del XIX avvertì le ripercussioni delle vicende europee e, per effetto delle guerre napoleoniche, tra il 1811 e il 1814 venne occupata dagli inglesi. Il ritorno degli olandesi concordato con l'Inghilterra, si scontrò con un'aspra resistenza indigena e comportò una volta soffocate sanguinosamente le rivolte, l'irrigidimento del sistema coloniale attraverso l'introduzione di un sistema di lavoro forzato a carico dei contadini indonesiani su terreni di cui lo stato si riservava la proprietà.
Dopo il 1860, sotto la pressione dei gruppi privati lesi dalla concorrenza statale, il sistema lasciò gradatamente il posto a un regime di libera concorrenza, che aprì le porte alla colonizzazione privata e agli investimenti internazionali di capitale. Questi mutamenti ebbero decisive conseguenze sulla società e in particolare favorirono la formazione di una borghesia nazionale nelle città non compromessa con il colonialismo, il crescente impoverimento dei contadini, la formazione di una classe operaia che si organizzò rapidamente in sindacato all'inizio del secolo XX.
Il nuovo secolo, con la crescente diffusione del pensiero politico europeo, conteneva le premesse per il costituirsi di un coscienza nazionale indonesiana. Il partito comunista, fondato nel 1920, tentò nel 1926 un'insurrezione anti-coloniale, ma venne sconfitto e ridotto all'illegalità. Da questo momento la direzione della lotta nazionale passò al partito nazionalista indonesiano a maggioranza musulmana, guidato da Ahmed Sukarno e diventato presto clandestino. Durante la Seconda Guerra Mondiale, nel periodo dell'occupazione militare giapponese (Gennaio 1942 - Agosto 1945), il partito nazionalista costruì le premesse per la formazione di un governo indonesiano provvisorio, che subito dopo il crollo del Giappone proclamò la nascita della Repubblica Indonesiana.
A guerra finita gli olandesi ritornarono pensando di poter restaurare il loro dominio coloniale. Iniziò così una sanguinosa guerra, che si trascinò fino alla conferenza della tavola rotonda dell'Aia (1949), che riconobbe la sovranità della repubblica degli Stati Uniti di Indonesia nel quadro di un unione tra questa e i Paesi Bassi. Nel 1950 la Repubblica fu trasformata da federale in unitaria e nel 1954 un nuovo accordo dell'Aia sancì il completo scioglimento dell'Unione e la piena indipendenza dell'Indonesia.
B - MALAYSIA
Nella penisola malese governata da un sultanato musulmano collegato all'Impero Moghul, nel XV secolo, con la fondazione del porto di Malacca e con la penetrazione portoghese, iniziò lo sviluppo economico della Malesia che, un secolo dopo cadde sotto il dominio degli olandesi passando più tardi sotto quello britannico. Col trattato di Londra la Malesia venne assegnata alla Gran Bretagna, mentre Malacca passò agli olandesi che poi la cedettero ai britannici in cambio di alcuni possedimenti sulla costa occidentale di Sumatra. Nel 1867 Malacca e Singapore entrarono a far parte della colonia britannica degli stabilimenti degli stretti. Nel 1909 la Gran Bretagna ottenne dalla Thailandia, gli stati di Kedah, Kelantan, Perlis e Terengganu che poi riunì nei Confederate Malay States. Durante la seconda guerra mondiale la Malesia venne in gran parte conquistata dai Giapponesi (1942). Nel dopoguerra la propaganda antibritannica e l'acceso spirito nazionalista e indipendentista portarono alla costituzione dell'Unione Malese (1946). Nel 1957 venne proclamata l'indipendenza della Federazione Malese, che, ampliatasi ancora con l'unione di Singapore, Sarawak e Sabah, si costituì in federazione della Grande Malesia, da cui però si staccò Singapore.